１
馬英九政権は、就任以来、対日関係を重視する旨繰り返し表明するとともに、日台関係は「特別なパートナーシップ関係」であるとし、実務関係を更に発展させる意向を表明。
２ 東日本大震災関連
（イ）
2011年3月11日に発生した東日本大震災に対し、台湾からは、多額の義援金（約200億円）、大量の救援物資（約560トン）、緊急援助隊の派遣、馬英九総統をはじめ各界・各世代の方々からのお見舞い・励ましのメッセージ等、友情あふれる破格の心からの御支援をいただいた。これに対する日本の各層からの台湾の支援に対し感謝する発言や行動は2012年になっても続いた。
（ロ）
2013年3月、震災発生から2周年の政府主催追悼式典には、沈斯淳・駐日代表が出席して指名献花を行った。
３
2012年に台湾を訪問した日本人は、143万人に達し、過去最高を記録した(短期訪問のみ)。
４
2012年4月11日、「特許手続分野における相互協力のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会の間の覚書」（日台特許審査ハイウェイ覚書）に署名。同覚書により、日台双方の出願人の相手方地域における権利取得の早期化及び低コスト化が実現。また、「マネーロンダリング及びテロ資金供与に関する金融情報の交換に関する公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の覚書」に署名した。
５
2012年4月、台南市の八田與一記念公園で桜の植樹式が行われ、翌5月には八田與一氏没後70年追悼会が開催された。
６
2012年4月及び11月、平成24年春及び秋の外国人叙勲において、それぞれ台湾から各4名の方々が受章された。国・地域別の受章者数では春秋二季連続で米国に次ぐ第２位、世界各国の日本の在外公館等の中では交流協会台北事務所が二季連続で最多となった。
７
2012年5月、馬英九総統の2期目の就任式典が開催され、前述のとおり、総統就任演説において初めて対日関係にも言及した。
８
2012年6月、台湾の輔仁大学（台北）において、また、同年11月、台中科技大学（台中）において、それぞれ日本研究センターが設置された。この結果、現在台湾には、計7つの大学（政治大学（台北）、中興大学（台中）、台中科技大学（台中）、中山大学（高雄）、淡江大学（台北）、輔仁大学（台北）、東海大学（台中））に日本研究センターが設置された。中央研究院の日本研究計画、台湾大学の日本・韓国研究総合プラットフォームを加えれば、計9つの大学・研究機関に日本研究拠点が設置されていることとなり、2010年3月に発足した現代日本研究学会の下、様々な日本研究活動に取り組んでいる。人材育成面では、政治大学の日本研究修士課程開設（2011年8月）に続いて、中山大学及び中興大学が日本研究単位プログラムを開講した（中山は2012年8月、中興は2013年2月）。
９
2012年8月、馬英九総統は、「東シナ海平和イニシアティブ」を発表した。
10
2012年9月、台湾の大規模な漁船団が、我が国尖閣諸島周辺の領海内に侵入する事案が発生した。
11
2012年10月、玄葉外務大臣（当時）が、当協会を通じて「台湾の皆様へのメッセージ」を発表した。
12
2012年11月2日、福島にて開催された第4回日台ITビジネスダイアログ（ITBD）において、ITBDの今後について議論した結果、2009年6月に署名したITBD覚書を改訂し、今年度をもってITBDを終了する等を盛り込んだ「「ITBD」の今後に係る覚書」を締結。
13
2012年11月29日、「相互承認に関する協力のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の取決め」（日台民間相互承認取決め）に署名。同取決めにより、台湾向け電気製品の認証等の手続が日本国内で実施できるようになり、製造事業者等の輸出手続の利便性の向上が期待される。また、同日、「公益財団法人交流協会と亜東関係協会との日台産業協力架け橋プロジェクトの協力強化に関する覚書」に署名した。同覚書により、中小企業、地方企業にもステージを広げた日台経済関係の更なる進展が期待される。
14
2012年11月及び3月、第17回日台民間漁業協議に向けた予備会合を東京においてそれぞれ開催した。
15
2013年1月、岸田外務大臣及び茂木経済産業大臣が交流協会設立40周年記念の祝辞を当協会発行の雑誌「交流」に寄稿し、岸田外務大臣は寄稿において、「台湾は、我が国との間で緊密な経済関係と人的往来を有する重要なパートナー」であると述べた。
16
2013年2月、台湾外交部は、「釣魚台列島問題（ママ）で、台湾が中国大陸と連携しない理由」をＨＰにより公表した。
17
2013年3月27日、台湾中部の南投を震源とするマグニチュード6.1の地震が発生し、死者1名、負傷者90名以上という被害が生じた。これを受けて、樽井澄夫・台北事務所代表から廖了以・亜東関係協会会長に対しお見舞いの意を表明した。