公益財團法人日本台灣交流協會為因應1972年日中邦交正常化，維持日本與台灣和實務層級之交流關係，以針對居留台灣之日本僑民與日籍旅客之入境，停留，子女教育以及日台間學術與文化交流等，給予各種便利，日本與台灣之貿易，經濟，技術交流等各種關係之順利進行為目的。經日本外務省及通商產業省（經濟產業省之舊稱）之核准成立財團法人。其後，因公益法人相關三法通過，經總理大臣核准，於2012年4月1日改制為公益財團法人 。
儘管改制，業務内容並未變更。公益財團法人日本台灣交流協會與日本政府密切合作，與無外交關係之台灣處理各種實務關係之業務。台北事務所及高雄事務所與台灣各界進行日本僑民保護，發給簽證，進行經濟與文化交流以及各項調查工作等，在台灣辦理類似日本駐外使領館之業務。