（１）
馬英九政権成立直後，2008年6月に尖閣諸島の日本領海内において，台湾の遊漁船（聯合号）と海上保安庁の巡視船が衝突し，聯合号が沈没する事故が発生した。右を受けて，台湾漁船が台湾海巡署の船舶に護衛される形で尖閣諸島の日本領海内に侵入する事案が発生。また，一部民間団体が当協会台北事務所に対して抗議活動を行う等，台湾内で反日的な活動が見られ，一時，日台関係が緊張した。
（２）
その後，馬英九政権は，対日関係を重視する旨繰り返し表明するとともに，日台関係は特別なパートナーシップであるとし，実務関係を更に発展させる意向を表明。また，本年を｢台日特別パートナーシップ促進年｣と位置づけ，経済貿易，文化，青少年，観光，対話の5分野における交流を全面的に推進する旨発表した。
（３）
なお，2008年5月，当協会と亜東関係協会との間で航空安全に関する取り決めに署名。また台湾当局は，2008年10月1日より，日本の運転免許証を所持する日本人で，1年以上の停留または居留の許可を受けた者（長期滞在者）に対し，無試験で台湾の運転免許証を発行する措置を開始した。