１
馬英九政権は、就任以来、対日関係を重視する旨繰り返し表明するとともに、日台関係は「特別なパートナーシップ関係」であるとし、実務関係を更に発展させる意向を表明。
２ 東日本大震災関連
（イ）
２０１１年３月１１日に発生した東日本大震災に対し、台湾からは、友情あふれる破格の心からの御支援をいただいた。これに対する日本の各層からの台湾の支援に対し感謝する発言や行動は２０１３年になっても続いた。
（ロ）
２０１４年３月、震災発生から３周年の政府主催追悼式典には、沈斯淳・駐日代表が出席して指名献花を行った。
３
２０１３年に日本を訪問した台湾人は、２２１万人に達し、日台双方の往来も３６３万人となり、いずれも過去最高を記録した。２０１３年１２月には在留邦人数が１６，５６９名に達した。
４
２０１３年４月には開始から１７年間、１７回の協議を経た日台漁業協議が妥結し、交流協会会長と亜東関係協会会長の間で日台漁業取決めが署名された。また、同取決めの円滑な実施のため、日台双方は取決め適用水域における操業ルールを策定すべく意見交換を行い、２０１３年５月に日台漁業委員会第１回会合を開催して以降、漁業者間会合等も開催しつつ２０１４年１月の第３回会合にて具体的な操業ルールに合意するに至った。
５
２０１３年４月には、台北において、宝塚歌劇団の初の台湾公演が行われた。
６
平成２５年春及び秋の外国人叙勲において、６名の方々が受章された。国・地域別の受章者数では米国、ドイツに続いて第３位となった。
７
青少年交流では、２０１２年の「キズナ強化プロジェクト」に続き、２０１３年には安倍総理の提唱する「２１世紀東アジア青少年大交流計画（ＪＥＮＥＳＹＳ２．０）」の一環として、台湾の高校生、大学生、院生約２６０人を日本に招聘した。
８
２０１３年５月、亜東関係協会の新会長に李嘉進・前国家安全会議（ＮＳＣ）諮問委員が史上最年少で選出された。
９
２０１３年５月に八田與一氏没後７１年追悼会が開催された。なお、９月には八田氏の夫人像が新たに建立され、記念式典も行われ、１０月には、戦前に台中の水利事業に貢献された磯田謙雄氏の銅像も建立された。
１０
日本研究面では、２０１３年８月、台湾大学（台北）において、日本研究センターが設置された。この結果、現在台湾には、計８つの大学（台湾大学（台北）、政治大学（台北）、中興大学（台中）、台中科技大学（台中）、中山大学（高雄）、淡江大学（台北）、輔仁大学（台北）、東海大学（台中））に日本研究センターが設置された。中央研究院の日本研究計画を加えれば、計９つの大学・研究機関に日本研究拠点が設置されていることとなり、２０１０年３月に発足した現代日本研究学会の下、様々な日本研究活動に取り組んでいる。人材育成拠点としては、中山大学及び中興大学に続いて、２０１３年８月、台湾大学が日本研究単位プログラムを開講した。さらに、２０１４年８月からは政治大学で日本研究博士学位プログラムが開講予定である。
１１
１０月８日、バリＡＰＥＣにおいて安倍総理が蕭萬長・前副総統と会談。安倍総理はこれを自らのフェイスブックで紹介され、東日本大震災の際の台湾の人々の支援にお礼を述べ、これからの日台関係の拡大深化について話し合ったとされている。
１２
１０月には、海外初出品となる「翠玉白菜」や「肉形石」を含めた故宮の所蔵品が２０１４年６月から１１月に初めて日本で公開されることが正式に発表された。また、野球交流では、１１月に新生「侍ＪＡＰＡＮ」、続いて「楽天イーグルス」のほか、全国各地の少年野球チームが訪台するなど活発な交流があった。
１３
１１月５日、「電子商取引に関する相互協力のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の取決め」（日台電子商取引取決め）に署名。同取決めの署名により、電子商取引を行う上でのビジネス環境が整備され、電子商取引の活性化が期待される。
１４
１１月５日、「優先権書類の交換分野の相互協力のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の了解覚書」（日台特許等優先権書類電子的交換覚書）に署名。同覚書の署名により、手続きの簡略化によって、双方産業界の特許権等取得の利便性向上につながることが期待される。
１５
１１月５日、「医薬品規制に関する協力の枠組み設置のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の取決め」（日台薬事規制協力取決め）に署名。同取決めの署名により、薬事規制協力のための実務交流が一層促進されることが期待される。
１６
１１月５日、「公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の鉄道分野における交流と協力の強化に関する了解覚書」（日台鉄道協力了解覚書）に署名。同覚書の署名により実務者による定期会合の開催など、日台間で鉄道分野における交流が活発化することが期待される。
１７
１１月５日、「公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の海上における航空機の捜索救難の協力に関する取決め」（日台航空機捜索救難協力取決め）に署名。同取決めの署名により日台双方の救難調整機関間の救難調整の円滑化と協力関係の深化が期待される。
１８
１１月２８日、「金融監督分野における相互協力のための公益財団法人交流協会と亜東関係協会との間の覚書」（金融監督分野における相互協力のための了解覚書）に署名。同覚書署名により、経済活動の基盤である金融システムの健全性の確保が期待される。
１９
１２月には、日台間の二重課税の回避及び脱税の防止を目的とした枠組み（日台租税枠組み）についての協議も開始した。
２０
日本語教育面では、２０１３年秋に国際交流基金が発表した２０１２年度日本語教育機関調査（台湾については当協会が協力）によれば、台湾における学習者数は２３万人で、中国、インドネシア、韓国、オーストラリアに次ぐ世界第５位であった。日本語能力試験の応募者数は、台北が約２．２万人で、全世界の試験実施都市の中で最も多い（２０１３年第２回）。
２１
２０１３年は日台産業協力架け橋プロジェクトとして日本の東北地方の製造業、徳島県の情報サービス業、金型工業、環境技術及び九州の環境・バイオ・電子産業等５分野において台湾産業界との交流、ビジネスマッチング等を実施した。
２２
２０１４年３月、日台間の航空路線が２０路線に拡大した（２０１２年１２月時点で１８路線）。
２３
第三国市場での連携を促進するため、平成２５年１０月１１日にベトナム（ホーチミン）で日本企業と在越台湾企業の交流会を開催した。